序列编辑：可以对DNA、RNA和蛋白质序列进行编辑，包括添加、删除、修改和剪切等操作。
序列比对：可以比对两个或多个序列，以确定它们之间的相似性和差异性。
序列分析：可以进行多种序列分析，包括ORF预测、启动子分析、氨基酸序列分析等。
比较分析：可以对不同序列进行比较分析，包括构建进化树、分析共同特征等。
图形绘制：可以生成多种图形，包括序列比对图、进化树图、多序列比较图等。
数据管理：可以管理多个序列、注释和分析结果，并支持导入和导出多种数据格式。
自动化分析：可以使用批处理和脚本功能进行自动化分析。
使用方法 1、打开软件点击软件顶部的点击File，在弹出的选择中选择new
2、在新建好的对话框中输入DNA序列。
3、输入完后，同时按住键盘上Ctrl和A，选中序列，并单击软件顶部“seq”图中以为大家标注出来。
4、然后点击软件顶部的Sequence选项，在弹出的选项中点击Display，在二级菜单中点击Rev.Compl.Sequence
5、然后就可以得到原序列的反向互补序列。
DNAMAN设计引物
1、先要拿到自己要设计引物的目的基因。
2、打开DNAMAN软件，打开软件后点击软件菜单栏的Primer选项，在弹出的选择中选择Load Primer，在二甲菜单中选择From Input选项。
3、导入文件后，点击菜单栏的Primer选项，在弹出的选项中选择Melting Temperature。
4、打开Melting Temperature对话框，您可以修改Thermo这个选项，Thermo值一般在55℃到70℃之间比较好。
5、从上图可以看到我们这20个碱基的Tm值只有49度，显然太低，需要增加碱基数量。我们取前24个碱基粘贴进去，点击下方Show Tm便可以看到这个引物的Tm值，发现是60.3度，很合适，就用这个了。这样正向引物就设计完了，把这24个碱基序列保存下来。
常见问题 如何用DNAMAN导出序列比对图?
1、打开DNAMAN软件，打开软件后，点击菜单栏的Sequence选项，在弹出的选项中选择Load Sequence，在弹出的二级菜单中点击Multiple，选择您要添加对比的文件。
2、导入序列后，点击Sequence，在弹出的选项中选择Alignment，再选择Multiple Sequence Alignment，参数全部保持默认，点“下一步”就可以。
3、然后就可以得到最终对比结果。
软件功能 1、数据库管理
选择数据库|经理命令打开数据库管理器”对话框。
2、DNA和蛋白质数据库
该软件的数据库功能，允许用户组织DNA和蛋白质序列的不同科目。
3、编辑记录信息
有关特定记录的信息可以编辑。在序列列表框中，所有记录按字母顺序或记录顺序列出。每个记录名字的数量显示记录的记录号ID.用DNAMAN自动分配。因此，您可以为不同的记录使用相同的名称。
4、扫描序列的相似性
它扫描所有的序列记录在默认的数据库搜索当前序列的同源序列。如果默认数据库包含DNA序列，则默认序列必须是DNA序列。如果默认数据库包含蛋白质序列，则默认序列必须是蛋白质序列。DNAMAN将使用快速对准方法扫描数据库的序列相似性。您可以选择对结果的最终输出使用快速对齐或最佳对齐方式。
5、错配分析
错配分析的目的是找到所有可能的退火位点的DNA序列的引物在默认。此功能可用于PCR和DNA测序的引物选择。权重矩阵用来区分引物位置的重要性。由于引物在3’末端对目标DNA的匹配比PCR扩增的5末端更重要，所以更多的权重被赋予3’末端。为了提高PCR引物的特异性，应始终检查引物与靶DNA之间是否存在次级退火位点。
